Hazuki Kagimura é uma garota socialmente desajeitada que não tem amigos; e, após ser adotada recentemente, ela também enfrenta dificuldades para se conectar com sua nova família. Seu único refúgio dessa realidade dolorosa está entre as páginas das histórias, onde sua imaginação vívida a permite viver seus sonhos de amizade e aventura. No entanto, um dia, um antigo e misterioso texto aparece em sua mochila. No caminho de volta para a biblioteca para devolvê-lo, Hazuki vê uma garota familiar que parece invisível para todos, exceto para ela. Decidindo segui-la, Hazuki é levada a uma biblioteca secreta onde um mundo que ela achava que existia apenas em seus sonhos a espera.

Märchen Mädchen conta a história do encontro de Hazuki com Shizuka Tsuchimikado, sua primeira amiga, e da descoberta de que ela foi escolhida pela impressão original da Cinderela para se tornar uma poderosa maga conhecida como Origin Master. Hazuki se matricula na Academia de Magia Kuzunoha, onde aprende a enfrentar seus medos e a acreditar em sua capacidade de criar sua própria história incrível.