Quando a recém-eleita Presidente do Conselho Estudantil, Medaka Kurokami, implementa sua ideia de uma caixa de sugestões onde as pessoas podem enviar problemas que precisam ser resolvidos, ela espera receber pedidos como resgatar cachorrinhos perdidos e dar conselhos. No entanto, o que ela e seu melhor amigo Zenkichi encontram são os primeiros indícios de um segredo inacreditável, e sua escola, a Academia Hakoniwa, além de Medaka, estão de alguma forma no centro desse turbilhão crescente! À medida que o que parecia um passatempo inocente se transforma em um jogo perigoso, Medaka e seus recrutas do Conselho Estudantil descobrem novas profundezas tanto em si mesmos quanto em suas habilidades inesperadas. E então as coisas realmente saem do controle!