Ittoki Sakuraba não consegue entender por que sua mãe, seu tio e sua amiga de infância, Kousetsu, parecem levar tão a sério a sua segurança. Kousetsu o segue e observa constantemente, sem se importar com sua privacidade, focando apenas em mantê-lo seguro a cada momento. Mas essa perseguição constante começa a fazer sentido quando uma adorável aluna do segundo ano do ensino médio, Satomi Tsubaki, convida Ittoki para um encontro. Embora inicialmente pareça inocente, as verdadeiras intenções de Tsubaki logo se tornam evidentes quando Ittoki a visita em sua casa; ela planeja assassiná-lo, e não está sozinha. Surpreendentemente, quem vem em seu socorro é seu tio e Kousetsu—vestidos com suas roupas de ninja escuras e letais.

Depois que Ittoki é levado para um lugar seguro, sua mãe revela a verdade: ele é o 19º herdeiro de um clã nobre de ninjas conhecido como Iga, e está sendo alvo de um assassinato pelo clã rival, os Koga. Para se proteger dessa nova ameaça, Ittoki precisa aprimorar suas habilidades na única academia de ninjas que ainda existe no Japão: a Academia Ninja Kokuten.